系列专题：《解读变革中的中国：重整河山》
到了20世纪80年代中后期，美国大多数州通过了有关建立企业孵化器项目的立法，这标志着政府的支持由直接资助转向更系统的全面支持。例如：政府提供创业教育和培训、种子资金和启动资金、技术支持服务等，再通过提供部分资金和优惠政策引导创业基金和风险投资公司解决新创企业资金短缺的问题，建立区域性的技术转让中心，促进新技术的转化、扩散和应用；同样孵化器对新创企业的支持不再限于基本管理职能，还有管理技巧、工作经验和技能，从而为新创企业的发展奠定了良好的基础。
但是到90年代之后，孵化器的运作又出现了新的问题。虽然孵化器的运作不以赢利为目的，但是在财务上常常不足以自负盈亏。治理结构不合理，管理上差强人意，经济来源陷于枯竭，导致许多孵化器处于挣扎求生的境地。经营班子不得不花费大量的时间去化缘，根本就没有时间用于培育新创企业，结果全职执行主管人数急剧减少，并且只将不到10%的工作时间花费在直接支持新创企业的工作上。
在这种情况下，人们开始对孵化器的运作进行反思。孵化器的中心任务是帮助创业者发展企业，孵化器不应该是一个准政府机构，而应该是一个新创企业。这意味着孵化器应该按照企业模式运作，因为一个充满官僚习气的孵化器，不可能为不断适应环境变化的新创企业提供真正有价值的创业支持。
孵化器在它的发展历程中遇到的最大问题是它的身份之惑——它到底应该是一家公益机构，还是一家经营性机构？它到底应该是一个政府性机构，还是一家企业？不弄清楚这个问题，孵化器就难以长续健康发展，也就谈不上为新创企业提供良好的孵化环境了。
和许多人想象的不一样，中国孵化器的发展在世界范围内并不落后。从数量上看，在目前世界上将近5000家孵化器中，美国有900多家，中国有600余家，位列第二；从成立时间上看，1987年，东湖创业中心作为中国首家孵化器面世，在世界范围内也属于老资格了。中国现在在孵化器里孵化的有5万家企业，100多万人，其中90%以上受过大学本科及以上教育。这些企业研发的生产应用类技术几乎涵盖了所有领域。这是中国技术创新大军中一支非常重要的力量，这股力量的存在自然引起了国际社会的关注，他们认为这是中国改革的一项重要成就。因此在2005年的APEC会议上，一些国家要求中国要履行大国义务，向其他国家输出孵化器模式。