如何有效地管理下属公司，使其不致像脱缰的野马难以控制，又能在市场中自由搏击，一直是困扰集团公司的难题。目前，总公司下属的分、子公司多数扮演着“利润中心”的角色，即总公司主要考核下属公司的上缴利润，其他指标则轻描淡写。这样往往导致下属公司只注重短期盈利，忽视长期发展。因此总公司明确下属公司的职能是管理的前提，一切措施才能行之有效。
好经还需好的和尚念，下属公司总经理的选择至关重要。由于下属公司往往与总公司不在一地，因此在人选上有两种可能：一种是从总公司中委派，一种是在下属公司所在地选拔。总公司委派的人选在经营管理思想、企业文化的认同方面能够与总公司有良好的默契，但对当地工商、税务等方方面面都需要一段时间的磨合。很多总公司的年轻人希望有机会能到下属公司独当一面，但多数只是把这种经历作为一种过渡；在当地选拔的总经理，会与当地的社会、经济、人文环境比较快的结合起来，有地缘上的优势，但个人短期获利欲望比较强，在经营过程中很难从总公司角度考虑得失。基于以上分析，总公司在对于总经理的考核方面，应有所区别，了解每个人追求的利益空间和价值空间，让他们从正常渠道得到自己想要的。
对于下属公司一把手，既要给予充分的信任与自由度，又要有所监控。从总公司派遣财务人员在目前来说仍不失为解决问题的办法，可以对总经理形成一定的制约。为防止总经理或财务总监久居一地而导致的懒惰、勾结和垄断，促使公司健康持续发展。可以采用轮流制，这也可以为总公司提供源源不断的经营管理人才。
下属公司的管理的确困难重重，管得松后果不堪设想，管得紧会限制其发展，并且也是上有政策，下有对策。比如有的下属公司，为了使自己规模扩大，不惜把已经贬值的存货仍按原值入账，虚增净资产规模。由于只考核当期利润，对于历史存货，谁也不愿处理，宁可资金沉淀在烂货上，不去背亏损之名。因此，对于下属公司的管理，切忌做表面文章，要从人性出发，制订切实可行的管理制度，激励与约束是永恒的主题。