上市公司大股东的积极控制行为与中小股东的“搭便车”行为是公司治理的内生性制度选择，是上市公司内部控制的重要机制，在法律保护及外部控制权市场不能及时发挥作用的时候，大股东的存在对于上市公司股东权益的保护具有重要意义。
上市公司大股东的积极控制行为与中小股东的“搭便车”行为是公司治理的内生性制度选择，是上市公司内部控制的重要机制，在法律保护及外部控制权市场不能及时发挥作用的时候，大股东的存在对于上市公司股东权益的保护具有重要意义。市场经济国家的实践表明，只有极少数对股东权益的法律保护较为完善的国家和地区存在分散的股权结构，例如美国、英国等。从某种意义上说，股权集中是法律对股东保护不足的一种替代。由于法律保护不力，中小股东面临较大的被侵权风险，投资者只有通过股权集中、形成控股股东以监督代理人的行为，降低代理成本。但是，如果股权结构过于集中，形成一股独大，控股股东就极易擅权独断，高层管理者员唯其命是从，合谋使得中小股东的利益受到控股股东的掠夺，也不利于有效公司治理机制的建立。特别是在我国经济转轨时期，在法律对投资者保护机制尚不健全的情况下，控股股东对中小股东利益的掠夺将超出中小股东的“搭便车”成本，大股东对中小股东的侵权行为将变得尤其的严峻。
目前，我国上市公司股权结构的特征是，存在一个控制性大股东。上市公司首位股东处于绝对控股地位，其余的股权在中小股东间分布极其零散。在这种情况下，小股东对大股东的自愿监督供给肯定是不足的。而且这些第一大股东80%以上是国家机构或国有法人，形成的结果是在上市公司的全部董事中，大部分的董事具有国有股和国有法人股的背景，上市公司控制权几乎完全掌握在控股的国家大股东手中，这是控股股东侵权行为发生、中小股东利益保护不足的诱因。我国上市公司大股东的侵权行为主要表现在以下几个方面:
一、控股股东通过经营性与非经营性关联交易获得不当收益，违规占用上市公司资金和资产
经营性与非经营性关联交易主要包括担保等活动。目前，控股股东通过经营性与非经营性关联交易获得不当收益，违规占用上市公司资金和资产的现象非常普遍。2002年底，中国证监会与国家经贸委联合召开的上市公司现代企业制度建设经验交流暨总结大会上透露，当年下半年对1175家上市公司进行普查，发现676家(占57.53%)的上市公司存在被大股东占用巨额资金现象，被占用资金合计高达966.69亿元，平均每家被占用资金1.43亿元。而2002年全年，全部上市公司通过证券市场融资总额只有961.75亿元。据统计，在连续2年亏损的上市公司中，70%存在控股股东侵占资金行为;在已退市的15家中，其经营失败的重要原因之一就是控股股东的侵占行为。另据2003年深交所年报披露的情况，深圳证券市场506家上市公司当中有317家存在被大股东及其关联方占用资金的问题，总发生额达到1580亿元，其中非经营性占用资金达430多亿元。
二、通过控股权转移，掠夺中小股东利益
《上市公司收购管理办法》规定控股股东(包括其他实际控制人)和收购人对上市公司及其他股东负有诚信义务,不得通过上市公司收购损害被收购公司及其他股东的合法权益。但由于我国上市公司的特殊股权结构，决定了其控股权的转让与完善的证券市场条件下的转让有着很大的不同，完全的市场竞价转让很少，大多为协议转让，缺乏透明度。而这种协议谈判人一方甚至双方并不是股权所有者，而是国有股权的代理人，其道德风险世人皆知。协议转让的不规范给证券市场制造了不少麻烦。有的公司控股股东数度更替，更替中的出让方都有丰厚的利润，但是上市公司本身在这种不断易主过程中并不见任何起色，大股东凭借历次发行股票的溢价及壳资源的稀缺而让出股权来获利，公众投资者却不可能从中得到收益，而且还要为大股东这种获利行为买单。最终公司经营不景气的苦果，则由公众投资者来承担。也有的公司经营陷入困境，控股股东无力回天，便频频出现控股权的转让传言，或一而再地制造重组题材，少数人利用内幕交易大发横财，一批批公众投资者被套牢、割肉。还有的在控股权受让中，玩空手套白狼的把戏，利用国有股权转让大多为一对一谈判的不透明弊病，利用国有股“所有者缺位”、代理人寻租的漏洞，搞幕后交易，用极少的付出获取上市公司控股权。这种既无诚意又无实力的受让者，一旦入主上市公司往往会迫不及待地实施其既定的掠夺计划，中小股东成为了这种股权转让游戏中的直接受害者。
具体操作方式是部分上市公司控股股东通过与收购人签订协议或者其他方式,违反法定程序,借“股权托管”或者“公司托管”之名将其所持股份的表决权先行转移给收购人,导致收购人在未成为上市公司股东之前,已经通过控制相关股份的表决权而实际控制上市公司。在这种情况下,控股股东不依法履行其控股股东职责,而收购人虽然实际控制上市公司,但是不承担控股股东的责任,上市公司的经营管理处于极不确定的状态,为收购人恶意侵害上市公司和其他股东权益提供了条件。
三、并购后增发新股
相当一部分收购人之所以看中某个“壳资源”，主要是看中了其筹资功能，即买壳之后(一般通过“换壳”过程)利用目标公司的上市资格创造条件增发新股。控股股东往往通过大量受让非流通股(多为国有股股份)、以远远低于流通股股东的成本获得公司控制权，然后利用其控制权轻易地让股东大会通过增发方案，心安理得地获得增发带来的净资产增值以及增发所得资金投资项目的利润增长，这一过程的背后则是众多小股东(流通股股东)巨大利益的牺牲和转移。由于上市公司增发新股往往意味着流通股股东的股权稀释，因此历来是个相当敏感的话题。2001年浦发银行增发曾经引起中小股东的公愤，在股东大会上董事长和董秘甚至遭到情绪激动的股民的打骂。
按照2002年证监会的最新规定，“增发新股的股份数量超过公司股份总数20%的，其增发提案还须获得出席股东大会的流通股(社会公众股)股东所持表决权的半数以上通过。”这对小股东来说是争取公平待遇的重要渠道，但实际上大股东为了使增发方案顺利通过，可以通过自己或其它户头突击买入流通股，绝大多数小股东在其中茫然不知、随波逐流。例如，在南钢股份(我国首例要约收购)2002年年会上(2003年6月30日)，与会股东及股东代表8人，其中，流通股股东及代表3人，占约6万名流通股股东的2万分之一;3位流通股股东代表的股份数为46.326万股，占l.44亿流通股的0.32%，在总股本5.04亿股中仅占0.092%(不足千分之一);第一大股东的股份数为3.576亿股，占总股本的70.95%，是3位流通股股东代表的股份数的771.9倍，或者说，流通股股东与第一大股东的力量之比为1∶770，所以，毫不奇怪，小股东提出的弃增改配(高比例低价格配股，而且大股东全额配足)方案在股东大会上根本无人问津。
除了以上三种主要形式外，控股股东还有其他形式来侵犯小股东的权益，如恶意罢免或无理阻挠少数股东即中小股东担任公司管理职务;恶意决议增加资本，迫使小股东因无力认购新股而使其持股比例下降;操纵公司股价以获炒作之利;无理拒绝以公司名义追究董事和经理的违法违规行为;为中小股东参加股东大会附加苛刻的条件;不准越过法定程序任免上市公司董事、管理者员或干预上市公司生产经营;准操纵上市公司搞虚假信息披露等等。