石油企业要建立完善的现代企业制度，就是要实行公司制改造，建立起适应社会主义市场经济发展需要的企业管理体制和经营机制，形成科学的法人治理结构，实现“产权清晰，权责明确，政企分开，管理科学”的目标。
经过近些年来国家对石油行业进行重组改制，目前已经形成3个特大型石油集团以及所控股的3个特大型股份公司。中国石油、中国石化、中国海油3个股份公司已完成了公司制及股份制改造，并且中国石油、中国石化、中国海油股票在国外证券市场上市，基本上建立起了符合国外证券市场上市要求的具有现代企业制度特征、较为合理的法人治理结构的石油公司管理体制。目前，三大石油企业坚持“改革、调整、创新、发展”方针，不断进行深化改革和持续重组，逐步完善适应现代企业制度的法人治理结构。根据现代企业制度对法人治理结构的要求，要完善石油企业法人治理结构，建议采取建立内外相结合的法人治理结构措施。因为现代企业公司法人治理结构实际上是指股东会、董事会、监事会和经理层各自的职责以及各负其责、协调运转、有效制衡的相互关系。借鉴国外公司治理结构的经验，结合石油企业实际，设想采用混合治理模式，即内外治理相结合的模式较为现实。
首先，优化企业内部治理机制。公司法人治理结构为实现公司内部治理提供了相互制衡的组织机构;而公司治理问题的解决，还需要通过以此为基础的内部治理机制来进行。现代内部治理，为解决公司治理问题提供了激励、监督与决策三个有效的机制。石油企业应该充分利用这三种机制，不断完善企业法人治理结构。一要优化企业内部的激励机制;二要优化公司内部治理的监督机制;三要优化公司内部治理的决策机制。
其次，健全企业外部治理监督体系。专家曾作过分析论证，目前公司法人治理结构发生问题的原因，一是上市公司股权过于集中，“一股独大”缺乏制约机制，使中小股东实际丧失对公司决策的影响力;二是公司董事会内部缺乏制约机制，代表大股东利益的董事左右公司决策。有效的解决方法，一个是通过持股结构的调整等有效方式，分散上市公司股权，解决“一股独大”的问题，增强不同持股者之间的相互制衡;另一个是建立健全独立董事制度，增强董事会内部的制约机制。