我国现行《公司法》对股东权利、包括中小股东的权利作了诸多规定，但是尚存在着诸多不足。完善中小股东权利的保护制度，必须精心设计《公司法》中的监事制度、董事制度和股东制度。即要完善公司治理结构中的监事制度、完善董事的权利与义务及建立独立董事制度和立法明确规定控制股东的义务及违反义务后的责任。
现行《公司法》中小股东权利保护的缺陷
㈠公司治理结构中监事制度的立法缺陷。
我国公司特别是上市公司，汇聚了成千上万股东的资金。按公司章程的要求，这些资金由董事们支配经营，多数股东尤其是中小股东既不能直接参与公司的经营，又无法对董事们的行为直接监督，而要保障其合法权益，可行的方式就是组成监事会。但是我国《公司法》在公司尤其是上市公司管制方面却存在诸多不足，而其中尤以监事制度为甚。
现代公司特别是上市公司，已然运行成为一个庞大经济资源的利益团体，其中的监事业务具有很强的专业性，只有精通法律、财务、管理等相关知识的人士才可以胜任。《公司法》从形式上赋予了监事会检查公司财务的权力，但监事会的组成人员(法律要求不少于3人，其中含有职工代表)既无足够的人力资源，也无财力支持其聘用专业机构履行检查的职责，其经常性工作就变成对公司的中期报告、年终报告实施形式上的“审核”，公司财务部门编制的虚假财务报表、大股东通过控制董事会实施的关联交易行为在监事会并没有遇到多少阻碍。
从监事会开展工作的具体形式上看，我国《公司法》的规定体现了监事会集体行使职权的原则，法律没有明确地赋予监事以个人名义开展监督工作的权力，它所贯彻的民主集中制的工作方式必然导致大股东通过监事会主席可以直接控制监事会的状况存在。从理论上讲，监事会对股东会负责，当监事会试图纠正董事、经理的违规行为时，如遇到拒绝，监事会的下一步骤是提议召开临时股东大会。《公司法》第104条规定，监事会提议召开临时股东大会的，应当在两个月内召开。但这一时间期限过长，对股东利益的保护及股东知情权的实现不利，权力制衡的机制无法发挥作用。此外，监事会开展工作所必需的资金支配能力在《公司法》中也没有作出制度安排，这同样是不可取的。
㈡《公司法》关于董事制度的立法缺陷。
我国《公司法》对董事的权利义务做了具体规定，但是在实践中却未能达到立法者预想的效果。董事会中的大股东总是利用股份优势作出有利于自己的决定，同时法律却缺乏足够的约束规范。在国有股占绝对优势的情况下，股东大会实际上成为国有股东大会或其控制下的大会，董事会成员、总经理的聘任都由国有股东或主管部门指定，多数情况下董事长兼任总经理致使二者不能进行有效地监督，同时也扭曲了二者的雇佣关系。
我国《公司法》没有涉及独立董事制度。目前，有关独立董事的规定仅散见于证监会和原国家经贸委等发布的规范性文件中，其立法的位阶较低，约束力也不强。
㈢《公司法》关于控制股东义务的立法缺陷。
股份有限公司股东大会进行表决的基本原则之一是资本多数。如果大股东持有股份占公司有表决权的股份总数50%以上，则他可以股权的简单多数在公司的股东大会上做出各种有利于自身的决议，这种股东就是控制股东。确立控制股东对公司和其他股东的义务，对改善我国当前股份公司的治理结构、保护投资者的利益有着重要的意义。我国《公司法》和《证券法》在此方面是空白的。仅靠证监会颁布一系列行政规章和指导意见来约束，不但立法层级低，且实践中对控制股东违反其义务的行为一般也仅是“通报批评”、“警告”等等处罚方式，缺乏应有的法律权威性。
完善中小股东权利保护法律制度的建议
㈠完善我国公司治理结构中的监事制度。
监事会是应股东大会的要求而作为董事会对立面产生的机构，监事会在任何意义上均不可以受制于董事会，不依赖于董事会而独立存在。突出监事会的独立地位，应当从以下几方面完善《公司法》的规定：第一，监事会的工作经费包括聘用专业机构开展工作的经费应当有独立的安排。第二，扩大监事会的工作权限。补充规定监事会可随时调查公司业务财产状况，查核簿册文件，并请求董事会作出报告;规定经监事会提议，在董事会怠于召集临时股东会的情况下，由监事会自行召集并主持股东大会;规定在公司与董事发生诉讼时或委托专业机构开展工作时监事会有权代表公司行使权力等。第三，提升监事会成员的专业素质标准，强化其独立的监管能力。董事会成员应掌握一定的财务、法律知识，懂得企业管理等。第四，设立外部监事。外部监事即独立监事，是指不持有公司股票、并与公司控制股东无直接联系、不属于公司雇员的社会专业人士受聘担任公司的监事。
㈡完善董事的权利与义务及建立独立董事制度。
1、完善董事的权利与义务包括以下几个方面：第一，对公司记录的检查。任何董事有权检查公司股票分类账、股东名单和公司其他账册与记录，以达成其与董事职位有关的合理目的，此规定出于董事履行职务的需要。董事行使该权利应出于善意，并且是为了与其职位密切相关的目的。在这种情况下，如果该权利的行使遭到公司拒绝，董事可以请求法院判令准许，但在有证据表明董事企图取得公司资料用于损害公司利益的目的时，法院也可不予准许;第二，关注义务。董事应当善意地、以其认为最符合公司和股东利益的方式，并以在相同情况下一个谨慎的人所具有的关心，包括合理的调查，以履行其作为董事的职责;第三，忠诚义务。忠诚义务就是董事忠于企业利益、并承认公司和股东的最大利益高于他本人任何利益的义务。遵守这一原则意味着董事不得利用其在公司的职位去寻求个人的利益和取得其他个人好处。
2、建立完善的独立董事制度。独立董事，顾名思义是具有独立地位和独立立场的董事。建立独立董事的法律制度是完善现代公司制度的重要内容。无论是从保障股东利益着眼，还是从实现公司决策的科学化和法制化着手，建立独立董事的法律制度都显得十分必要。从国外成熟的公司运作实践来看，都有独立董事制度。建立独立董事的法律制度可以在修改《公司法》时对独立董事的任职条件、权利和义务等作出明文规定，应当至少明确以下几方面内容：
第一，独立董事的主体资格，应当与有限责任公司和股份有限公司的董事资格一致。现行《公司法》第五十七条列明的不得担任公司董事的人士不能担任独立董事，公司股东或股东单位的任职人员、公司的经理或公司雇员以及与公司关联人或与公司管理层有利益关系的人员不能担任独立董事，国家公务员不得兼任独立董事。
第二，独立董事的权利和义务。独立董事应当享有一般董事以外的某些“特权”，如不论其是否同意董事会全体董事过半数以上的意见，他(她)所发表的意见应在董事会决议中书面列明。公司的关系交易在提交董事会书面表决投票时，独立董事应当享有否决权，即必须由独立董事签字后方能生效。再如，应当赋予2名以上的独立董事提议权，可提议召开临时董事会。独立董事可直接向股东大会、中国证监会和其他有关部门报告。独立董事的义务应当与一般董事相同，不应当有“豁免权”。独立董事应当遵守公司章程，维护公司利益，不得利用在公司中的地位和职权为自己牟取私利;不得利用职权收受贿赂或其他非法收入;不得侵占公司财产;不得挪用公司资金或将公司资金借贷给他人;不得将公司资产以其个人名义或其他个人名义开立账户存储;不得以公司资产为本公司的股东或其他个人债务提供担保;竞业禁止;非经股东大会同意，不得同本公司订立合同或进行交易;不得泄露公司秘密。
三在《公司法》中明确规定控制股东的义务及违反义务后的责任。
控制股东的义务主要包括注意义务和忠实义务这两项内容。注意义务指控制股东在处理公司事务时，应尽如同一个谨慎的人出于同等地位与情形下对其所经营的事项所给予的注意一样的谨慎义务，即控制股东在作为业务执行和经营者处理公司事务时，应怀有善意，并从公司的最大利益出发来考虑问题。忠实义务指控制股东不得从事有损于公司和其他股东利益的行为。
在法律上确定这些义务的同时，应尽快完善控制股东违反义务之后的责任体系。在《公司法》中，鉴于我国存在比较严重的滥用职权现象的控制股东绝大多数是法人，在修改时，可借鉴德国《股份法》和我国台湾地区的公司立法模式，特用专章对关联企业问题做出规制，这样不但使以控股母公司形式控制其他公司的控制股东得到有效的约束，也能够对控制股东和公司之间关联交易的限制与披露问题作出详尽的规定。